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生活在我们肠道中的多种非人类生命形式(称为我们的微生物组)对我们的健康至关重要。这些平衡被破坏会导致一系列紊乱和疾病，包括肥胖、糖尿病、炎症性肠病。它甚至会影响我们的心理健康。
众所周知，生活在我们肠道中的微生物会通过饮食发生改变。例如，在我们的饮食中加入膳食纤维和乳制品会促进有益细菌的生长。但越来越多的证据表明，运动也可以改变我们肠道内的细菌类型。
一项研究发现，运动会促进产生脂肪酸丁酸盐的细菌的生长。丁酸盐可以促进肠道内壁的修复并减少炎症，因此有可能预防疾病炎症性肠病和胰岛素抵抗等疾病，这些疾病会导致糖尿病。运动引起的肠道菌群变化也可以预防肥胖并改善代谢功能。
微生物组的变化甚至可以在相当适度的锻炼制度后看到。一项研究发现，与久坐不动的人相比，每周进行至少三个小时的轻度运动(例如快走或游泳)的女性体内的Faecalibacterium prausnitzii、Roseburia hominis和Akkermansia muciniphila水平更高。
F. prausitzii和R. hominis可减少炎症，而A. muciniphila与瘦体重指数 (BMI) 和改善代谢健康有关。这意味着这些微生物组的变化可能对整体健康有益。
但似乎运动类型对肠道微生物群的变化也有不同的影响。对啮齿动物的研究发现，与老鼠想做的适度运动相比，被迫在轮子上奔跑会引起不同的微生物群变化。
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